Među brojnim tekstovima koje je objavio posebno su se isticali oni o bogatstvu tadašnjeg hrvatskog premijera Ive Sanadera, kao i o vezama tadašnjeg predsednika Crne Gore Mila Đukanovića sa kontroverznim srpskim biznismenom Stankom Subotićem. Pukanić je pisao o umešanosti Đukanovića i Subotića u međunarodni šverc cigareta, pa čak i svedočio protiv njih dvojice pred italijanskim tužiocima koji su ih optužili kao članove duvanske mafije. Đukanović se pozvao na diplomatski imunitet i time izbegao da mu se za ovo sudi u Italiji, a optužbe su odbačene i protiv Subotića.
Ime Stanka Subotića, o kojem je Pukanić početkom dvehiljaditih objavio niz tekstova u kojima ga je nazivao „balkanskim mafijaškim bosom” i optuživao za šverc cigareta, spomenuto je više puta tokom suđenja optuženima za ubistvo novinara. Nikada, međutim, nije bilo dokaza o Subotićevoj umešanosti u Pukanićevo ubistvo te nije bio pod istragom niti optužen za to, a hrvatski sud je odbio čak i da ga sasluša kao svedoka.
Jedan od izvršilaca, Robert Matanić, priznao je hrvatskoj policiji svoju ulogu u likvidaciji i rekao da iza nje stoji Subotić. Navodno, u pitanju je bila osveta zbog članaka o umešanosti Subotića u kriminalne poslove. „Stanko Subotić se zakleo da će na kraju doći glave Pukaniću“, izjavio je Matanić tokom saslušanja. Ubica Matanić je, međutim, kasnije povukao svoj iskaz.
Pukanićev prijatelj Ratko Knežević, bivši savetnik Mila Đukanovića, takođe je pomenuo Subotića kao mogućeg naručioca ubistva.
Knežević je na sudu svedočio da mu je Subotić lično pretio jer je verovao da je on izvor za priče o duvanskoj mafiji. „Nakon toga usledio je i drugi (Subotićev) telefonski poziv u kojem je on nedvosmisleno meni rekao: ‘Ubio sam mnoge, ubiću i Pukanića i tebe ako bude trebalo’“, ispričao je Knežević na sudu.
Subotić, međutim, nije jedino poznato ime koje je dovođeno u vezu sa likvidacijom novinara.
Tomislav Marjanović, koji je učestvovao u logistici ubistva, a kasnije postao ključni svedok zahvaljujući kome je grupa likvidatora osuđena, ispričao je da je i uticajna ličnost balkanskog podzemlja – Sreten Jocić zvani Joca Amsterdam – bio uključen u ubistvo.
Ozloglašeni kriminalac Jocić nadimak je dobio jer je kriminalnu karijeru ispekao u glavnom gradu Holandije.